Canadensys

Le Metabarcoding Data Toolkit de GBIF est maintenant disponible sur Canadensys

2025-05-13T04:00:00+00:00

L’outil de métabarcodage de GBIF

Le GBIF Metabarcoding Data Toolkit (MDT), développé par le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), est maintenant disponible sur Canadensys. Cette boîte à outils permet à la communauté canadienne de publier des données de métabarcoding sur GBIF via le nœud Canadensys. Il vise à formater et à partager les données de métabarcodage de l’ADN, telles que l’ADNe, dans des formats standards, accessibles et interprétables pour une publication en libre accès. Les ensembles de données d’ADNe comprennent généralement un tableau d’OTUs avec les séquences lues, un tableau de taxonomie avec les séquences et les informations sur les espèces, ainsi qu’un tableau d’étude et d’échantillon présentant les métadonnées.

Cette boîte à outils élargit donc la possibilité de publier des ensembles de données qui ne pouvaient pas être traités auparavant à l’aide du format Darwin Core actuel, la norme utilisée pour la publication de la biodiversité via l’IPT de Canadensys.

Ce MDT est développé dans le cadre de la phase pilote du Programme de Metabarcodage de données de GBIF en parallèle d’un guide d’utilisation détaillé et continuellement amélioré pour soutenir les utilisateurs et utilisatrices dans la publication de leurs données au niveau mondial.

Vous pouvez accéder au guide d’utilisation complet et à la FAQ sur la page du MDT canadien.

Accéder au MDT sur Canadensys

Comment utiliser cet outil

L’outil de metabarcodage de données de GBIF est configuré pour fonctionner dans l’un des deux modes suivants :

Mode de publication : Les utilisateurs et utilisatrices du MDT peuvent publier des ensembles de données sur GBIF. Les utilisateurs et utilisatrices doivent être associé·e·s à une organisation/institution. Le MDT crée l’archive et la publie sur GBIF à travers une nouvelle série d’étapes de publication qui sont similaires mais différentes de celles de l’IPT Canadensys. Il s’agit en fin de compte d’une plateforme de publication sur GBIF.
Mode de conversion uniquement : Les utilisateurs et utilisatrices du MDT peuvent l’utiliser pour transformer leurs jeux de données en archive Darwin Core (DwC-A) prêtes pour la publication sur GBIF, mais ils/elles doivent les télécharger pour les héberger et les publier dans un autre dépôt, tel qu’un IPT.

N’hésitez pas à nous faire part de vos commentaires ou de vos questions !

Contactez-nous

Illustration de couverture part Javier Andrés Gamboa Martínez, Chargé de communication, Secrétariat de GBIF.

The GBIF Metabarcoding Data Toolkit now available on Canadensys

2025-05-13T04:00:00+00:00

The GBIF Metabarcoding Data Toolkit

The GBIF Metabarcoding Data Toolkit (MDT), developed by the Global Biodiversity Information Facility (GBIF), is now available on Canadensys. This toolkit is a resource for the Canadian community to publish metabarcoding data to GBIF via the Canadensys node. It is aimed to format and share DNA metabarcoding data, such as eDNA, in standard, accessible and interpretable formats for open-source publication. eDNA datasets usually include an OTUs table with sequence reads, a taxonomy table with sequences and species information, and a study and sample tables presenting metadata.

This toolkit thus extends the publishability of datasets that could not be previously be handled using the current Darwin Core format, the standard used for biodiversity publication via the Canadensys IPT.

This MDT is being developed as part of the pilot phase of the GBIF Metabarcoding Data Programme in parallel with a detailed user guide continuously improved to support users in the publication of their data globally.

You can access to the complete user guide and the FAQ on the Canadian MDT page.

Access the MDT on Canadensys

How to use this toolkit

The GBIF Metabarcoding Data Toolkit is configured to operate in one of two modes:

Publishing mode: MDT users can publish datasets to GBIF. Users need to be associated with an organization/institution. The MDT creates the archive and publish it to GBIF through a new set of publication steps that are similar but differ from the Canadensys IPT. It utltimately serves as a publishing platform to GBIF.
Conversion-only mode: MDT users can use it to reshape their datasets into GBIF-ready Darwin Core Archive (DwC-A) files but must download them for hosting and publication on another repository, such as an IPT.

Please send any comments or questions to us if you have any!

Cover illustration by Javier Andrés Gamboa Martínez, Communications Officer, GBIF Secretariat.

Célébration d’une étape importante : 3 millions d’occurrences sur l’IPT de Canadensys !

2025-01-20T05:10:00+00:00

Nous sommes ravis d’annoncer que l’IPT de Canadensys a franchi une nouvelle étape : 3 millions d’occurrences de spécimens dans notre base de données ! Avec 127 ressources actuellement disponibles, nous avons atteint un total de 3 522 159 occurrences, comprenant 57 560 taxons et 10 005 observations uniques. Cette réussite reflète le dévouement de nos institutions contributrices, de nos conservateurs et de l’ensemble de la communauté de la biodiversité, qui travaillent sans relâche pour rendre ces données accessibles.

Chaque nouvel enregistrement nous rapproche de la compréhension de la riche biodiversité du Canada, et au-delà de nos frontières. Ces occurrences représentent des points de données inestimables qui aident les chercheurs, les conservateurs et le public à mieux comprendre la répartition des espèces, l’utilisation de l’habitat et les effets des changements environnementaux.

À mesure que nous avançons, nous nous engageons à élargir notre base de données et à en améliorer la qualité. En attendant le prochain million, un grand merci à toutes celles et ceux qui nous ont aidés à franchir cette étape remarquable !

Accédez à l’IPT

1,854,619 Plantes

1,196,567 Insectes

387,928 Autres observations

Telles que les occurrences ornithologiques, mammalogiques, herpétologiques, invertébrées et paléontologiques.

99,798 Champignons

Illustration de couverture par Marion Leménager, Gestionnaire de données, Canadensys.

Celebrating a Milestone: 3 Million Occurrences on Canadensys IPT!

2025-01-20T05:10:00+00:00

We are thrilled to announce that the Canadensys IPT has hit a new milestone: 3 million specimen occurrences in our database! With 127 resources currently available, we’ve reached a total of 3,522,159 occurrences, encompassing 57,560 taxa and 10,005 observations. This achievement reflects the dedication of our contributing institutions, curators, and the entire biodiversity community who work tirelessly to make these data accessible.

Each new record brings us closer to understanding Canada’s rich biodiversity, and beyond our borders. These occurrences represent invaluable data points that help researchers, conservators, and the public gain insights into species distribution, habitat use, and the effects of environmental changes.

As we move forward, we are committed to further expanding our database and enhancing data quality. Here’s to the next million, and a huge thank you to everyone who has helped us reach this remarkable milestone!

Access the IPT

1,854,619 Plants

1,196,567 Insects

387,928 Other observations

Such as ornithological, mammalogical, herpetological, invertebrate and paleontological occurrences.

99,798 Fungi

Cover illustration by Marion Leménager, Data manager, Canadensys.

Une nouvelle membre dans notre équipe

2025-01-15T13:15:00+00:00

Depuis septembre 2024, nous accueillons un nouveau membre au sein de l’équipe Canadensys, Marion Leménager, qui a récemment pris le poste de gestionnaire de données de l’IPT Canadensys.

Elle a récemment obtenu son doctorat à l’Université de Montréal, en se concentrant sur l’évolution des plantes et la morphologie florale. Sa thèse visait à mieux comprendre la variation de la forme florale entre les stratégies de pollinisation spécialisées et généralisées, et leur impact sur la diversification des plantes. Elle a également acquis de l’expérience dans la gestion des collections pendant deux ans au département d’entomologie du National Museum of Natural History de la Smithsonian Institution avant d’obtenir son doctorat en sciences végétales.

Carole Sinou, l’ancienne gestionnaire des données et des noeuds, a récemment pris le rôle de coordinatrice de l’Herbier Marie-Victorin. Elle continuera à travailler pour le réseau Canadensys en tant que node manager, s’occupant des relations avec les autres noeuds nord-américains et le réseau GBIF, ainsi que de la maintenance de l’infrastructure informatique (site web et outils).

Son rôle en tant que gestionnaire de données

Marion Leménager est chargée d’assister les chercheurs et chercheuses ainsi que leurs équipes qui souhaitent publier des données sur la biodiversité et des collections d’histoire naturelle sur le portail Canadensys. Dans le cadre de ses nouvelles fonctions, elle guidera les chercheurs et chercheuses, les étudiants et étudiantes, et les gestionnaires de collections dans l’utilisation du format DarwinCore, le standard utilisé pour faciliter le partage d’informations sur la diversité biologique.

Elle est également chargée de veiller au bon fonctionnement de l’IPT Canadensys et d’assurer la liaison avec le réseau international du Global Biodiversity Information Facility. Elle contribuera également à la formation des étudiants et des chercheurs du réseau stratégique FRQNT du Centre des sciences de la biodiversité (CSBQ/QCBS).

Pour nous contacter

Si vous souhaitez partager vos données sur l’IPT de Canadensys, si vous avez des questions sur les différentes étapes vers la publication d’ensembles de données par le biais de l’IPT, ou si vous voulez plus d’informations sur le formatage de vos ensembles de données pour la publication, nous sommes là pour ça ! Vous pouvez directement nous contacter pour poser vos questions.

Nous contacter

Cover illustration by Marion Leménager, Data manager, Canadensys.

A new member in our team

2025-01-15T13:15:00+00:00

Since September 2024, we welcome a new member as part of the Canadensys team, Marion Leménager, who recently took up the position as data manager of the Canadensys IPT.

She recently obtained her Ph.D. at the University of Montréal, focusing on plant evolution and floral morphology. Her thesis was dedicated to better understanding the floral shape variation among specialized and generalized pollination strategies, and their impact on plant diversification. She also gained experience in collection management during two years in the Entomological department of the National Museum of Natural History of the Smithsonian Institution prior to completing her doctorate in Plant Sciences.

Carole Sinou, former data and node manager, has recently taken the role of the Marie-Victorin Herbarium coordinator. She will continue to work for the Canadensys network as node manager, taking care of the relations with the other North American nodes and the GBIF network, as well as the maintenance of the informatic infrastructure (website and tools).

Her role as data manager

Marion Leménager is responsible for assisting researchers and their teams wishing to publish biodiversity data and natural history collections on the Canadensys portal. As part of her new position, she will guide researchers, students and collection managers in the use of the DarwinCore format, the standard used to facilitate the sharing of information about biological diversity.

She is also responsible for ensuring the smooth running of the Canadensys IPT and liaising with the international network of the Global Biodiversity Information Facility. She will also contribute to the training of students and researchers in the FRQNT strategic network of the Biodiversity Science Centre (CSBQ/QCBS).

To contact us

If you are interested in sharing your data on the Canadensys IPT, have any questions about the various steps towards the publication of datasets through the IPT, or want more information about formatting your data sets for publication, we are here for that ! You can directly contact us to ask your questions.

Illustration de couverture par Marion Leménager, Gestionnaire de données, Canadensys.

Pourquoi publier nos données sous Creative Commons Zero (CC0)

2023-12-18T13:20:00+00:00

Par données, nous entendons les ensembles de données d’occurrences, d’observations ou les checklists publiés sous la forme d’archives Darwin Core et tous les dérivés. Pour que la discussion reste concentrée, cela n’inclut pas les images ou le code logiciel.

Ce que nous espérons accomplir

Une licence pour toute la communauté Canadensys (plus facile à regrouper et envoie un message fort en tant que communauté)
Une licence existante (nous ne voulons pas rédiger nos propres documents juridiques)
Une licence ouverte (permettant que nos données soient réellement utilisées)
Une licence claire (afin que les utilisateurs puissent se concentrer sur la réalisation de recherches approfondies avec les données, au lieu de comprendre les petits caractères)
Donner du crédit à qui le mérite

Notre recommandation

Nous recommandons aux participants de Canadensys de publier leurs données sous la licence Creative Commons Zero (CC0). Avec la licence CC0, vous renoncez à tout droit d’auteur que vous pourriez avoir sur les données (ou le jeu de données) et les consacrez au domaine public. Les utilisateurs peuvent copier, utiliser, modifier et distribuer les données sans demander votre autorisation. Vous ne pouvez pas non plus être tenu responsable de toute (mauvaise) utilisation des données.

CC0 est recommandé pour les données et les bases de données et est utilisé par des centaines d’organisations. Il est particulièrement recommandé pour les données scientifiques, et donc encouragé par Pensoft (voir leurs directives pour les articles sur les données de biodiversité) et Nature (voir cet article d’opinion). Bien que CC0 n’oblige pas légalement les utilisateurs des données à citer la source, il ne supprime pas l’obligation morale de donner une attribution comme c’est souvent le cas dans la recherche scientifique (plus d’informations à ce sujet ci-dessous).

Pourquoi devrais-je renoncer à mon droit d’auteur ?

Pour commencer, nos données, jeux de données et bases de données sont très peu protégés par des droits d’auteur. Les droits d’auteur ne s’appliquent qu’au contenu créatif et 99 % de nos données sont des faits, qui ne peuvent pas être protégés par des droits d’auteur. Nous détenons des droits d’auteur sur certains textes dans les champs de remarques, sur le format de données ou le modèle de base de données que nous avons choisi/créé, et sur les images. Si nous considérons une archive Darwin Core (qui est la manière dont nous publions nos données), le contenu créatif est encore plus réduit : le format des données est une norme et nous ne fournissons qu’un lien vers les images, pas l’image elle-même.

Il peut être difficile pour le propriétaire du contenu de déterminer où s’arrêtent les faits et où commence le contenu créatif (protégé par le droit d’auteur). Imaginez donc le cauchemar juridique que cela peut devenir pour l’utilisateur. De plus, les règles sont différentes selon les pays. La publication de nos données sous licence CC0 élimine toute ambiguïté et toute bureaucratie. Nous renonçons à tout droit d’auteur que nous aurions pu avoir sur le contenu créatif et nos données obtiennent le statut juridique de domaine public. Elles ne peuvent plus être protégées par le droit d’auteur de qui que ce soit.

Ne pouvons-nous pas utiliser une autre licence ?

Passons en revue les différentes options. Gardez à l’esprit que ces licences ne s’appliquent qu’à l’aspect créatif de l’ensemble de données, et non aux faits. Comme indiqué ci-dessus, il peut être difficile, voire impossible, pour l’utilisateur de déterminer la limite entre ceux-ci. À tel point qu’il pourrait décider de ne pas utiliser vos données du tout, surtout s’il pense qu’elles ne répondent pas aux conditions de la licence.

Tous droits réservés

L’utilisateur ne peut pas utiliser les données (ou jeu de données) sans l’autorisation du propriétaire.

Conclusion : Mauvais

Open Data Commons Public Domain Dedication and License (PDDL)

Il n’y a aucune restriction sur la façon d’utiliser les données. Cette licence est très similaire à CC0

Conclusion : Parfait, en fait cette licence était un précurseur de CC0, mais… elle est moins connue et peut-être pas aussi complète juridiquement que CC0. CC0 a fait un énorme effort pour couvrir la législation de presque tous les pays et la communauté Creative Commons travaille dur pour améliorer encore cela. Par conséquent, si vous devez choisir, CC0 est probablement le meilleur choix.

Creative Commons Attribution-NoDerivs (CC BY-ND)

L’utilisateur ne peut pas construire de proejets de recherche en s’appuyant sur les données (ou jeu de données), ce qui est le cas de la plupart des utilisations de données.

Conclusion : Mauvais

Creative Commons Attribution-NonCommercial (CC BY-NC)

L’utilisateur ne peut pas utiliser les données (ou le jeu de données) à des fins commerciales. Cela semble acceptable d’un point de vue académique, mais la licence est beaucoup plus restrictive qu’on ne le pense intuitivement. Voir : Hagedorn, G. et al. ZooKeys 150 (2011). Creative Commons licenses and the non-commercial condition: Implications for the re-use of biodiversity information.

Conclusion : Mauvais

Creative Commons Attribution-ShareAlike (CC BY-SA) ou Open Data Commons Open Database License (ODbL)

L’utilisateur doit partager tout travail basé sur les données (ou ensemble de données) sous la même licence ou une licence similaire à celle-ci.

Conclusion : Bien, mais… cela peut poser quelques problèmes pour un agrégateur comme Canadensys ou GBIF : s’ils mélangent et fusionnent des données avec différentes licences « SA », laquelle choisissent-ils ? Elles peuvent être incompatibles.

Creative Commons Attribution (CC BY) ou Open Data Commons Attribution License (ODC-By)

L’utilisateur doit attribuer les données (ou jeu de données) de la manière spécifiée par le propriétaire. Cette condition est également présente dans les trois licences ci-dessus.

Conclusion : Bien, mais… cela peut conduire à un « empilement d’attributions » peu pratique. Si un agrégateur ou un utilisateur de cet agrégateur utilise et intègre différents ensembles de données fournis sous une licence BY, il doit légalement citer le propriétaire de chacun d’entre eux de la manière spécifiée par ces propriétaires (là encore, pour le contenu créatif potentiel des données).

Mais donner du crédit/attribution est une bonne chose !

Absolument, mais l’imposer légalement peut avoir l’effet inverse : un utilisateur peut décider de ne pas utiliser les données par crainte de ne pas se conformer complètement à la licence (voir le paragraphe ci-dessus). Comme indiqué au début de cet article, CC0 supprime l’obligation juridiquement contraignante de citer l’auteur, mais elle ne supprime pas l’obligation morale de citer celui-ci. En fait, c’est la pratique courante dans la recherche scientifique depuis de nombreuses décennies : légalement, vous n’êtes pas obligé de citer les recherches/données de quelqu’un que vous utilisez, mais ne pas le faire ne vous rendra pas non plus très populaire.

Pour encourager les utilisateurs à créditer les auteurs, nous proposons de créer des normes Canadensys. Les normes ne sont pas un document juridique, mais un « code de conduite » dans lequel nous indiquons comment nous souhaitons que les utilisateurs utilisent, partagent et citent nos données, et comment ils peuvent participer. Nous pouvons expliquer comment citer un spécimen individuel, une collection, un ensemble de données ou un téléchargement « Canadensys » agrégé. Nous pouvons souligner que nos données sont constamment corrigées ou complétées, il est donc utile de revenir sans cesse au référentiel d’origine et non à un référentiel secondaire qui n’a peut-être pas été mis à jour. En plus de cela, nous pouvons créer des outils pour surveiller les téléchargements ou compiler automatiquement une citation adéquate. Et avec l’arrivée des articles de données - dont les brouillons peuvent être générés automatiquement à partir de l’IPT - les jeux de données sont réellement introduits dans le domaine de l’édition traditionnelle et de la reconnaissance scientifique associée.

Tout cela pour dire que ce sont des mécanismes dont bénéficient à la fois les utilisateurs et les propriétaires de données, sans les contraintes juridiques. Cela garantit que nos données peuvent être utilisées maintenant et à l’avenir. Nous espérons que vous vous joindrez à nous dans notre recommandation.

Un grand merci à Gregor Hagedorn et aux auteurs des lignes directrices de Pensoft pour les documents sur les données.

SPNCH-TDWG conférence - 2 au 6 septembre 2024, Okinawa, Japon

2023-12-18T13:20:00+00:00

La conférence conjointe de la Société pour la préservation des collections d’histoires naturelles (SPNHC) & Biodiversity Information Standards (TDWG) en 2024 sera hybride et organisée à Okinawa, Japon du 2 au 6, septembre 2024.
Participez en présentiel ou en virtuel !

Nous vous invitons à soumettre une proposition pour une session organisée lors de SPNCH-TDWG 2024 reflétant le travail réalisé par SPNCH et TDWG et la manière dont les collections et normes contribuent à notre compréhension et documentation de la biodiversité. Les sessions organisées peuvent être des symposiums, des panels de discussions, des sessions éclairs et d’autres formats pour lesquels l’objectif principal est de transmettre de l’information et d’intéresser l’audience de SPNCH-TDWG.

Date limite (dure) de soumission: 16 février 2024 (fermeture des bureaux dans votre fuseau horaire). Les premières informations essentielles ont été publiées sur le site Web de la conférence SPNHC-TDWG 2024. Des informations supplémentaires seront publiées dès qu’elles seront disponibles.

Nous vous encourageons fortement à soumettre des propositions correspondant au thème de la conférence: Renforcer les capacités locales, élever les normes mondiales. Les sessions peuvent être ouvertes ou fermées aux soumissions de présentations ; nous encourageons fortement la diversité, l’inclusivité et les idées de sessions non explorées lors des précédentes conférences SPNHC ou TDWG.
Les appels à résumés seront annoncés début mars 2024.

Veuillez contacter les [organisateurs de la conférence] (mailto:okinawa2024@spnhc.org) pour toute question.

La Society for the Preservation of Natural History Collections (SPNHC) est une organisation internationale consacrée à la préservation, à la conservation et à la gestion des collections d’histoire naturelle.
Biodiversity Information Standards (TDWG) développe et maintient des normes de données qui soutiennent l’intégration des informations primaires sur la biodiversité entre les disciplines, les organisations et les nations. Sa conférence annuelle est devenue un forum prééminent pour faire progresser l’informatique de la biodiversité.

SPNCH-TDWG joint conference - 2 to 6 September 2024, Okinawa, Japan

2023-12-18T13:20:00+00:00

The Society for the Preservation of Natural History Collections (SPNHC) & Biodiversity Information Standards (TDWG) joint conference in 2024 will be a hybrid meeting, hosted in Okinawa, Japan from 2 - 6, September 2024.
Be there in person or online!

We invite you to submit a proposal for an organized session at SPNHC-TDWG 2024 that reflects the work that SPNHC and TDWG do and the ways that collections and standards contribute to our understanding and documentation of biodiversity. Organized sessions can be symposia, panel discussions, lightning sessions, and other formats in which the primary purpose is to convey information and engage the SPNHC-TDWG audience.

Submission (hard) deadline: 16 February 2024 (Close of Business in your time zone). Essential early information has been posted on the SPNHC-TDWG 2024 conference website. Additional information will be posted as it becomes available.

We strongly encourage you to submit proposals that fit the conference theme: Enhancing Local Capacity, Elevating Global Standards. Sessions may be open or closed to presentation submissions; we highly encourage diversity and inclusivity and session ideas not explored during previous SPNHC or TDWG conferences.
Calls for abstracts will be announced in early March, 2024.

Please contact the conference organizers with any questions.

The Society for the Preservation of Natural History Collections (SPNHC) is an international organization devoted to the preservation, conservation and management of natural history collections.
Biodiversity Information Standards (TDWG) develops and maintains data standards that support the integration of primary biodiversity information across disciplines, organizations, and nations. Its annual conference has become a preeminent forum for advancing biodiversity informatics.

Why we should publish our data as Creative Commons Zero (CC0)

2023-12-18T13:20:00+00:00

By data we mean specimen, observation or checklist datasets published as Darwin Core Archives and any derivates. To keep the discussion focused, this does not include pictures or software code.

What we hope to achieve

One license for the whole Canadensys community (easier for aggregation and it sends a strong message as a community)
An existing license (we don’t want to write our own legal documents)
An open license (allowing our data to be really used)
A clear license (so users can focus on doing great research with the data, instead of figuring out the fine print)
Giving credit where credit is due

Our recommendation

We recommend Canadensys participants to publish their data under the Creative Commons Zero (CC0) license. With CC0 you waive any copyright you might have over the data(set) and dedicate it to the public domain. Users can copy, use, modify and distribute the data without asking your permission. You cannot be held liable for any (mis)use of the data either.

CC0 is recommended for data and databases and is used by hundreds of organizations. It is especially recommended for scientific data, and thus encouraged by Pensoft (see their guidelines for biodiversity data papers) and Nature (see this opinion piece). Although CC0 doesn’t legally require users of the data to cite the source, it does not take away the moral obligation to give attribution as is common in scientific research (more about that below).

Why would I waive my copyright?

For starters, there’s very little copyright to be had in our data, datasets and databases. Copyright only applies to creative content and 99% of our data are facts, which cannot be copyrighted. We do hold copyright over some text in remarks fields, the data format or database model we chose/created, and pictures. If we consider a Darwin Core Archive (which is how we are publishing our data) the creative content is even further reduced: the data format is a standard and we only provide a link to the pictures, not the picture itself.

Figuring out where the facts stop and where the (copyrightable) creative content begins can already be difficult for the content owner, so imagine what a legal nightmare it can become for the user. On top of that different rules are used in different countries. Publishing our data under CC0 removes any ambiguity and red tape. We waive any copyright we might have had over the creative content and our data gets the legal status of public domain. It can no longer be copyrighted by anyone.

Can’t we use another license?

Let’s go over the options. Keep in mind that these licenses only apply to the creative aspect of the dataset, not the facts. But as pointed out above, figuring this out can be difficult or impossible for the user. So much in fact, that the user might decide not to use your data at all, especially if they think they might not meet the conditions of the license.

The user cannot use the data(set) without the permission of the owner.

Conclusion: Not good.

Open Data Commons Public Domain Dedication and License (PDDL)

There are no restrictions on how to use the data. This license is very similar to CC0

Conclusion: Perfect, in fact this license was a precursor of CC0, but… it is less well known and maybe not as legally thorough as CC0. CC0 made a huge effort to cover legislation in almost all countries and the Creative Commons community is working hard to improve this even further. Therefore, if you have to choose, CC0 is probably the best bet.

Creative Commons Attribution-NoDerivs (CC BY-ND)

The user cannot build upon the data(set), which is what most data use involves.

Conclusion: Not good.

Creative Commons Attribution-NonCommercial (CC BY-NC)

The user cannot use the data(set) for commercial purposes. This seems fine from an academic viewpoint, but the license is a lot more restrictive than intuitively thought. See: Hagedorn, G. et al. ZooKeys 150 (2011). Creative Commons licenses and the non-commercial condition: Implications for the re-use of biodiversity information.

Conclusion: Not good.

Creative Commons Attribution-ShareAlike (CC BY-SA) or Open Data Commons Open Database License (ODbL)

The user has to share any work based upon the data(set) under the same or similar license to this one.

Conclusion: Good, but… this can lead to some problems for an aggregator like Canadensys or GBIF: if they are mixing and merging data with different “SA” licenses, which one do they choose? They might be incompatible.

Creative Commons Attribution (CC BY) or Open Data Commons Attribution License (ODC-By)

The user has to attribute the data(set) in the manner specified by the owner. This condition is also present in the three licenses above.

Conclusion: Good, but… this can lead to impractical “attribution stacking”. If an aggregator or a user of that aggregator is using and integrating different datasets provided under a BY license, they legally have to cite the owner for each and every one of them in the manner specified by those owners (again, for the potential creative content in the data).

But giving credit/attribution is a good thing!

Absolutely, but legally enforcing it can lead to the opposite affect: a user might decide not to use the data out of fear of not completely complying with the license (see paragraph above). As hinted at the beginning of this post, CC0 removes the drastic legally enforceable requirement to give attribution, but it does not remove the moral obligation to give attribution. In fact, this has been the common practice in scientific research for many decades: legally, you don’t have to cite someone’s research/data you’re using, but not doing so won’t make you very popular either.

To encourage users to give credit where credit is due, we propose to create Canadensys norms. Norms are not a legal document, but a “code of conduct” where we declare how we would like users to use, share and cite our data, and how they can participate. We can explain how one could cite an individual specimen, a collection, a dataset or an aggregated “Canadensys” download. We can point out that our data is constantly being corrected or added to, so it is useful to keep coming back to the original repository and not to a secondary repository that may not have been updated. In addition to that, we can build tools to monitor downloads or automatically compile an adequate citation. And with data papers - which drafts can be automatically generated from IPT - dataset are really brought into the realm of traditional publishing and the associated scientific recognition.

All to say that are mechanisms where both users and data owners benefit, without the legal burden. It guarantees that our data can be used now and in the future. We hope you’ll join us in our recommendation.

A huge thanks to the Gregor Hagedorn and the authors of the Pensoft guidelines for data papers.

Canadensys

Le Metabarcoding Data Toolkit de GBIF est maintenant disponible sur Canadensys

L’outil de métabarcodage de GBIF

Comment utiliser cet outil

The GBIF Metabarcoding Data Toolkit now available on Canadensys

The GBIF Metabarcoding Data Toolkit

How to use this toolkit

Célébration d’une étape importante : 3 millions d’occurrences sur l’IPT de Canadensys !

1,854,619 Plantes

1,196,567 Insectes

387,928 Autres observations

99,798 Champignons

Celebrating a Milestone: 3 Million Occurrences on Canadensys IPT!

1,854,619 Plants

1,196,567 Insects

387,928 Other observations

99,798 Fungi

Une nouvelle membre dans notre équipe

Son rôle en tant que gestionnaire de données

Pour nous contacter

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Her role as data manager

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Pourquoi publier nos données sous Creative Commons Zero (CC0)

Ce que nous espérons accomplir

Notre recommandation

Pourquoi devrais-je renoncer à mon droit d’auteur ?

Ne pouvons-nous pas utiliser une autre licence ?

Tous droits réservés

Open Data Commons Public Domain Dedication and License (PDDL)

Creative Commons Attribution-NoDerivs (CC BY-ND)

Creative Commons Attribution-NonCommercial (CC BY-NC)

Creative Commons Attribution-ShareAlike (CC BY-SA) ou Open Data Commons Open Database License (ODbL)

Creative Commons Attribution (CC BY) ou Open Data Commons Attribution License (ODC-By)

Mais donner du crédit/attribution est une bonne chose !

SPNCH-TDWG conférence - 2 au 6 septembre 2024, Okinawa, Japon

SPNCH-TDWG joint conference - 2 to 6 September 2024, Okinawa, Japan

Why we should publish our data as Creative Commons Zero (CC0)

What we hope to achieve

Our recommendation

Why would I waive my copyright?

Can’t we use another license?

All rights reserved

Open Data Commons Public Domain Dedication and License (PDDL)

Creative Commons Attribution-NoDerivs (CC BY-ND)

Creative Commons Attribution-NonCommercial (CC BY-NC)

Creative Commons Attribution-ShareAlike (CC BY-SA) or Open Data Commons Open Database License (ODbL)

Creative Commons Attribution (CC BY) or Open Data Commons Attribution License (ODC-By)

But giving credit/attribution is a good thing!